Родился 6 марта 1929 года в Сухуми в семье бывшего владельца кирпичного завода
иранского происхождения. В 1938 году отец будущего писателя был депортирован из
СССР, больше им никогда встретиться не удалось. Воспитывался родственниками
матери-абхазки в селе Чегем.
Окончил русскую школу в Абхазии с золотой медалью. Поступил в Библиотечный
институт в Москве. После трёх лет обучения перевёлся в Литературный институт им.
А. М. Горького, который окончил в 1954 году.
В 1954—1956 годах работал журналистом в Курске и Брянске. В 1956 стал
редактором в абхазском отделении Госиздата, где работал до начала 1990-х. С нач ала 1990-х постоянно живёт в Москве.
Первая книга стихов «Горные тропы» вышла в Сухуме в 1957, в конце 1950-х
годов начал печататься в журнале «Юность». Прозу начал писать с 1962.
Известность к писателю пришла в 1966 году после публикации повести «Созвездие
Козлотура».
Главные книги Искандера написаны в своеобразном жанре: роман-эпопея «Сандро
из Чегема», эпос о детстве «Чика», повесть-притча «Кролики и удавы»,
повесть-диалог «Думающий о России и американец». А также популярны повести
«Человек и его окрестности», «Школьный вальс, или Энергия стыда», «Поэт»,
«Стоянка человека», «Софичка», рассказы: «Тринадцатый подвиг Геракла», «Начало»,
«Петух», «Рассказ о море», «Дедушка» и другие произведения.
Сюжет многих его сочинений разворачивается в селе Чегем, где автор провёл
значительную часть своего детства.
Печатался также в изданиях «Литературная Абхазия», «Новый мир», «Неделя».
В 1979 году участвовал в создании неподцензурного альманаха «Метрополь»
(повесть «Маленький гигант большого секса»). Был членом жюри на финальной игре
Высшей лиги КВН 1987 года.
В 2006 году участвовал в создании книги «Автограф века».
Как общественный деятель и духовный авторитет общества неоднократно
выступал в защиту малочисленных народов.
В настоящее время живёт в Москве, является старейшиной и наиболее
уважаемой фигурой в московской абхазской диаспоре.
Сам Искандер восхищается поэзией Александра Пушкина и Иосифа Бродского,
прозой Фёдора Достоевского и Ивана Тургенева.
В 2011, в день своего 82-летия, Фазиль Искандер заявил: «Я — безусловно
русский писатель, много воспевавший Абхазию. По-абхазски я, к сожалению, не
написал ничего. Выбор русской культуры для меня был однозначен».